Los grupos farmacéuticos, biotecnológicos y académicos generan un ingente volumen de datos acerca de las propiedades biológicas de las moléculas incluidas en fármacos, plaguicidas y aditivos alimentarios, pero una porción de esta información tan útil queda sin difusión, lo que provoca la repetición de trabajos y un derroche de tiempo y recursos. Actualmente existen datos cruciales que no llegan a publicarse o que se difunden en formatos carentes de estructura.
Esto es lo que pretende solucionar MIABE (Minimum Information About a Bioactive Entity, o información mínima sobre una entidad bioactiva), la propuesta de un consorcio internacional de organizaciones industriales, farmacéuticas, académicas, ONG y proveedores comerciales de datos biológicos al frente del cual se encuentran el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) y el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), con sede en el Reino Unido.
El nuevo estándar viene a definir directrices para la difusión de entidades bioactivas. Su implantación da vía libre a la llegada de todo un caudal de información sobre moléculas pequeñas al dominio público. A su vez, se espera que este acontecimiento propicie importantes descubrimientos farmacológicos. Los responsables de la iniciativa confían en que de este modo se potencie el intercambio de datos en el dominio público relativos a éxitos y fracasos en la búsqueda de fármacos.
La investigación que ha propiciado este estándar fue posible gracias a fondos de la Unión Europea por valor de 1 476 384 euros, concedidos por medio del proyecto PSIMEx («Iniciativa de estándares sobre proteómica e intercambio molecular internacional»), amparado en el área temática de Salud del Séptimo Programa Marco (7PM). El proyecto PSIMEx, que concluirá en 2013, presta apoyo a varios otros proyectos cuyo objetivo global es el de lograr la accesibilidad a la información sobre interacciones moleculares por medios informáticos. Las entidades asociadas al proyecto, procedentes de China, Francia, Alemania, Italia, España, Suecia, Suiza, Reino Unido y Estados Unidos, pretenden seguir desarrollando la versión actual del estándar para ajustarse a las interacciones moleculares generadas por la iniciativa sobre estándares de proteómica HUPO, un estándar creado en 2002 que define las normas comunitarias para la representación de datos de proteómica con el fin de facilitar su comparación, intercambio y verificación.
El proyecto PSIMEx pretende asimismo promover la aplicación de estándares en toda la cadena, desde la planificación de los experimentos mediante la formalización y el análisis de los datos hasta su forma de inclusión en publicaciones y bases de datos públicas. Ello requiere organizar actividades de formación a usuarios en relación a los requisitos mínimos al publicar datos de interacciones moleculares, así como la realización de formaciones e intercambios para el personal administrador de las bases de datos participantes.
Los creadores del estándar MIABE recalcan que, para analizar debidamente cualquier tipo de dato recabado, es indispensable que éstos sean comparables entre sí. Según explicó el Dr. John Overington, del EMBL-EBI, la unificación de datos procedentes de un número elevado de programas de descubrimiento farmacológico permite conocer más a fondo las claves de la efectividad de los medicamentos: «Esperamos que MIABE propicie un incremento de un orden de magnitud en la cantidad de datos disponibles para su análisis. La experiencia con otros estándares nos enseña que, a medida que los adoptan más grupos, el volumen de datos aprovechables crece exponencialmente.»
El desarrollo de este nuevo estándar también trae consigo implicaciones económicas.
«La mayor disponibilidad de datos acordes con los estándares facilitará que las empresas racionalicen sus procesos de decisión», apuntó otro de los autores, el Dr. Dominic Clark, también del EMBL-EBI. «La industria se sustenta cada vez más en los datos disponibles en el dominio público. La existencia de un conjunto de principios y estándares simplificará la integración de los datos y ayudará a controlar los costes.»
La difusión de los datos en el dominio público no consiste únicamente en informar de las entidades biológicas eficaces. Nunca ha sido tarea fácil hallar y desarrollar moléculas con propiedades bioactivas útiles, tales como agentes farmacológicos, plaguicidas y aditivos alimentarios; sólo algunos de los fármacos investigados superan la etapa de aprobación para su uso clínico, pero la comunidad científica también debe estar al tanto de las moléculas que se quedan por el camino y del motivo.
Algunas se descartan por falta de eficacia, por poseer toxicidad, o por conllevar efectos secundarios inesperados, entre otras razones. También se quedan por el camino numerosos plaguicidas que presentan efectos secundarios negativos para otros organismos distintos de su objetivo pretendido y aditivos alimentarios como los esteroles vegetales que están sujetos a reglamentos muy estrictos.
Un ejemplo reciente que muestra las ventajas de una difusión amplia de la información sobre los compuestos bioactivos fue la publicación, por parte de las farmacéuticas GlaxoSmithKline y Novartis y el St. Jude Children's Research Hospital (Estados Unidos), de datos sobre más de 14 000 compuestos que se sabe que son activos frente al parásito responsable de transmitir la malaria. Dichos datos se encuentran ya incluidos en la base de datos ChEMBL, que trata sobre moléculas pequeñas con propiedades similares a fármacos bioactivos y que fue desarrollada con el apoyo tanto del 7PM como de la iniciativa sobre medicamentos innovadores (IMI) de la UE. La información de esta base de datos se empleó en un criba quimiogenómica gracias a la cual se hallaron proteínas del Schistosoma mansoni contra las que podrían actuar ciertos medicamentos ya existentes. Esta situación generó esperanzas de que puedan emplearse terapias ya conocidas para tratar la esquistosomiasis, una enfermedad tropical desatendida que afecta hoy en día a 210 millones de personas de 76 países.
En el ámbito de la química se confía en que, con el establecimiento del estándar MIABE, en adelante se produzcan muchos más logros como este.
Esto es lo que pretende solucionar MIABE (Minimum Information About a Bioactive Entity, o información mínima sobre una entidad bioactiva), la propuesta de un consorcio internacional de organizaciones industriales, farmacéuticas, académicas, ONG y proveedores comerciales de datos biológicos al frente del cual se encuentran el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) y el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), con sede en el Reino Unido.
El nuevo estándar viene a definir directrices para la difusión de entidades bioactivas. Su implantación da vía libre a la llegada de todo un caudal de información sobre moléculas pequeñas al dominio público. A su vez, se espera que este acontecimiento propicie importantes descubrimientos farmacológicos. Los responsables de la iniciativa confían en que de este modo se potencie el intercambio de datos en el dominio público relativos a éxitos y fracasos en la búsqueda de fármacos.
La investigación que ha propiciado este estándar fue posible gracias a fondos de la Unión Europea por valor de 1 476 384 euros, concedidos por medio del proyecto PSIMEx («Iniciativa de estándares sobre proteómica e intercambio molecular internacional»), amparado en el área temática de Salud del Séptimo Programa Marco (7PM). El proyecto PSIMEx, que concluirá en 2013, presta apoyo a varios otros proyectos cuyo objetivo global es el de lograr la accesibilidad a la información sobre interacciones moleculares por medios informáticos. Las entidades asociadas al proyecto, procedentes de China, Francia, Alemania, Italia, España, Suecia, Suiza, Reino Unido y Estados Unidos, pretenden seguir desarrollando la versión actual del estándar para ajustarse a las interacciones moleculares generadas por la iniciativa sobre estándares de proteómica HUPO, un estándar creado en 2002 que define las normas comunitarias para la representación de datos de proteómica con el fin de facilitar su comparación, intercambio y verificación.
El proyecto PSIMEx pretende asimismo promover la aplicación de estándares en toda la cadena, desde la planificación de los experimentos mediante la formalización y el análisis de los datos hasta su forma de inclusión en publicaciones y bases de datos públicas. Ello requiere organizar actividades de formación a usuarios en relación a los requisitos mínimos al publicar datos de interacciones moleculares, así como la realización de formaciones e intercambios para el personal administrador de las bases de datos participantes.
Los creadores del estándar MIABE recalcan que, para analizar debidamente cualquier tipo de dato recabado, es indispensable que éstos sean comparables entre sí. Según explicó el Dr. John Overington, del EMBL-EBI, la unificación de datos procedentes de un número elevado de programas de descubrimiento farmacológico permite conocer más a fondo las claves de la efectividad de los medicamentos: «Esperamos que MIABE propicie un incremento de un orden de magnitud en la cantidad de datos disponibles para su análisis. La experiencia con otros estándares nos enseña que, a medida que los adoptan más grupos, el volumen de datos aprovechables crece exponencialmente.»
El desarrollo de este nuevo estándar también trae consigo implicaciones económicas.
«La mayor disponibilidad de datos acordes con los estándares facilitará que las empresas racionalicen sus procesos de decisión», apuntó otro de los autores, el Dr. Dominic Clark, también del EMBL-EBI. «La industria se sustenta cada vez más en los datos disponibles en el dominio público. La existencia de un conjunto de principios y estándares simplificará la integración de los datos y ayudará a controlar los costes.»
La difusión de los datos en el dominio público no consiste únicamente en informar de las entidades biológicas eficaces. Nunca ha sido tarea fácil hallar y desarrollar moléculas con propiedades bioactivas útiles, tales como agentes farmacológicos, plaguicidas y aditivos alimentarios; sólo algunos de los fármacos investigados superan la etapa de aprobación para su uso clínico, pero la comunidad científica también debe estar al tanto de las moléculas que se quedan por el camino y del motivo.
Algunas se descartan por falta de eficacia, por poseer toxicidad, o por conllevar efectos secundarios inesperados, entre otras razones. También se quedan por el camino numerosos plaguicidas que presentan efectos secundarios negativos para otros organismos distintos de su objetivo pretendido y aditivos alimentarios como los esteroles vegetales que están sujetos a reglamentos muy estrictos.
Un ejemplo reciente que muestra las ventajas de una difusión amplia de la información sobre los compuestos bioactivos fue la publicación, por parte de las farmacéuticas GlaxoSmithKline y Novartis y el St. Jude Children's Research Hospital (Estados Unidos), de datos sobre más de 14 000 compuestos que se sabe que son activos frente al parásito responsable de transmitir la malaria. Dichos datos se encuentran ya incluidos en la base de datos ChEMBL, que trata sobre moléculas pequeñas con propiedades similares a fármacos bioactivos y que fue desarrollada con el apoyo tanto del 7PM como de la iniciativa sobre medicamentos innovadores (IMI) de la UE. La información de esta base de datos se empleó en un criba quimiogenómica gracias a la cual se hallaron proteínas del Schistosoma mansoni contra las que podrían actuar ciertos medicamentos ya existentes. Esta situación generó esperanzas de que puedan emplearse terapias ya conocidas para tratar la esquistosomiasis, una enfermedad tropical desatendida que afecta hoy en día a 210 millones de personas de 76 países.
En el ámbito de la química se confía en que, con el establecimiento del estándar MIABE, en adelante se produzcan muchos más logros como este.
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